1. Lãnh đạo CPO
Trưởng ban, các Phó trưởng ban do Bộ trưởng Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn bổ nhiệm, miễn nhiệm theo quy định hiện hành.
a) Trưởng ban quản lý, điều hành toàn bộ các hoạt động của CPO, chịu trách nhiệm trước Bộ trưởng Bộ Nông nghiệp và Phát triền nông thôn, trước pháp luật về mọi hoạt động của CPO.
b) Phó trưởng ban giúp việc cho Trưởng ban thực hiện nhiệm vụ cụ thể do Trưởng ban phân công, chịu trách nhiệm trước Trưởng ban và pháp luật về việc thực hiện nhiệm vụ được phân công hoặc uỷ quyền.
2. Các phòng chuyên môn, nghiệp vụ
a) Phòng Tổ chức, hành chính;
b) Phòng Kế hoạch, tổng hợp;
c) Phòng Thẩm địnhchế độ,dự toán;
d) Phòng Tài chính, kế toán;
đ) Phòng Môi trường, tái định cư;
e) Phòng Đào tạo dự án.
Phòng có Trưởng, Phó phòng, các viên chức và các tổ chuyên môn, nghiệp vụ do Trưởng ban CPO quyết định bổ nhiệm, tuyển dụng theo quy định của Pháp luật và hướng dẫn của Bộ.
3. Ban quản lý dự án trực thuộc
Ban quản lý dự án được thành lập và giải thểtheo quy định của pháp luật.
a) Cơ cấu tổ chức của Ban QLDA, gồm Giám đốc Ban QLDA, Phó Giám đốc (nếu có), kế toán và cán bộ chuyên môn, nghiệp vụ.
Giám đốc Ban QLDA: Do Bộ trưởng Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn bổ nhiệm, miễn nhiệm theo đề nghị của Trưởng ban CPO, giúp việc cho Trưởng ban CPO và chịu trách nhiệm toàn diện trước Trưởng ban, trước pháp luật về việc thực hiện nhiệm vụ được phân công hoặc uỷ quyền; được ký, đóng dấu các văn bản giao dịch liên quan đến hoạt động của dự án.
Cán bộ, viên chức của Ban QLDA, gồm: cán bộ chuyên môn, nghiệp vụ và kế toán dự án được điều động biệt phái từ các Phòng trực thuộc CPO và bổ sung cán bộ hợp đồng mới để đáp ứng yêu cầu tiến độ dự án theo đề nghị của Giám đốc Ban QLDA.
Mỗi chức danh, vị trí công tác trong Ban Quản lý dự án phải có bản mô tả công việc do Giám đốc Ban QLDA xây dựng được công bố công khai trong Ban Quản lý chương trình dự án và chủ dự án.
b) Nhiệm vụ của Ban QLDA: Thực hiện đầy đủ nhiệm vụ và quyền hạn quy định tại Thông tư 03/2007/TT-BKH ngày 12/3/2007 của Bộ Kế hoạch và Đầu tư Hướng dẫn về chức năng, nhiệm vụ và cơ cấu tổ chức của Ban Quản lý chương trình, dự án ODA; khoản 1 Điều 35 và các điều có liên quan của Nghị định số 131/2006/NĐ-CP ngày 09/11/2006 của Chính phủ Ban hành Quy chế quản lý và sử dụng nguồn hỗ trợ phát triển chính thức để tổ chức, thực hiện dự án theo quy định và thực hiện các nhiệm vụ khác do Trưởng ban Ban CPO giao.